相比较合同会社而言，株式会社的知名度很高。虽然有的外国知名企业会选择在日本开设合同会社，但对于大部分人而言，知名的企业大部分都是株式会社。

  股东只需负责与出资额相对应的责任即可，对于投资人来说非常便利。

  只能通过出资额来决定利益的分配。在向出资人分配利益时，相较于合同会社能够自由规定分配的标准，株式会社只能按照出资额来进行分配。对于出资少但贡献多的人来说，想要按照贡献程度来分配利润是不可以的。

  相较于合同会社，株式会社成立需要的费用和手续更多。株式会社和合同会社成立需要的手续和费用是不同的。比如说在法务局登记时需要的登录许可税不同；株式会社在制作定款之后还需要花费手续费在公证处进行认证。合同会社则不需要认证，也不需要花费认证的费用。

  株式会社需要让股东了解公司的财务状况，来确保交易的安全性。因此株式会社每年都需要履行决算公告的义务。一般来说，在官方发布一次公告需要花费7万日元的费用。即使选择电子公告，仍需要1万日元的费用。

 合同会社相比株式会社一大优点就是，可以节省在法务局登记的一部分费用。同时，因为不需要认证定款，定款的手续费可以节省，同时比株式会社的成立时间要快。

  株式会社在指定重要决策时，需要召开股东大会。但株式会社的出资人同时是经营者，可以无需召开决策会议而指定政策，也就是经营的自由度较高。

  相较于株式会社每年必须花费一部分资金进行决算公告来说，合同会社没有这项义务，也就不需要花费相应的公告费。

  一般来说，株式会社的董事都有一个特定的任期，但合同会社没有这项限制。在董事任期结束时，需要缴纳几万日元的登陆许可税，但合同会社不需要履行这项义务。

  相较于株式会社按照出资金额来分配利益，合同会社可以根据定款自由地分配公司利润。出资额、技术、业绩等都可以成为利润分配的依据。

  虽然目前日本的合同会社的数量在不断增加，但对于大部分人来说对于合同会社的了解程度不够，也似乎更加信任株式会社。落到实际应用中，可能造成的后果就是不利于人才的招聘。

在合同会社中，出资人就是经营者。如果由多个出资人，那么每个人的决定权都是相同的。那么，如果经营者中出现意见对立的情况，有可能会影响公司的经营。

 由于合同会社不发行股票，没有办法通过出售股票来筹集资金。只能通过金融机关的贷款或政府的补助来筹集资金。